تمثل أمانة الشؤون العلمية البوابة الرئيسة للطالب الملتحق بالجامعة  إذ تعمل على رعايته بدأً بتسجيله وانتهاءً بتخرجه  وتقوم بتهيئة البيئة التعليمية وتقديم كافة الخدمات  الاكاديمية له. وتعتبر أمانة الشؤون العلمية الوحدة المنوط بها تنفيذ وتحقيق أهداف الجامعة في مجال التعليم والتعلم من خلال الاشراف الكامل والمتابعة لكل الانشطة والعمليات التي تحقق ذلك. إضافة الى تأهيل وتدريب أعضاء هيئة التدريس والتقنيين الذين يمثلون الركيزة الاساسية في عملية التعليم والتعلم. وتلعب الامانة دورا متعاظما في ربط الجامعة بمثيلاتها على النطاق الاقليمي والعالمي فضلا عن المستوى المحلي من خلال خلق الشراكات والاتفاقيات الثنائية والإشراف على تنفيذها.