يتكون الهيكل الاداري للأمانة من  ثلاثة   أقسام : (1)  قسم الشهادات (2) قسم الدراسة الجامعية (3) قسم شؤون أعضاء هيئة التدريس وعدد ست وحدات:  (1) وحدة القبول والتسجيل (2) وحدة برامج البكالوريوس النظامي (3) وحدة الانتساب والدبلومات (4) وحدة المناهج  (5) وحدة الاحصاء والمعلومات (6)  وحدة المجالس واللجان.